4. Entréme donde no supe. 
5. Vivo sin vivir en mi 
6. Tras de un amoroso lance. 
8. Que bien se yo la fonte que mana y corre. 
9. Sin arrimo y con arrimo. 
10. Por toda la hermosura. 
11. Del Verbo divino. 
12. Olvido de lo criado. 

     Romances:
13. En el principio moraba. 
14. En aquel amor inmenso. 
15.Una esposa que te ame. 
16. Hágase, pues, dijo el padre. 
17. Con esta buena esperanza. 
18. En aquestos y otros ruegos. 
19. Ya que el tiempo era llegado 
20. Entonces llamó a un arcángel 
21. Ya que era llegado el tiempo. 
22. Encima de las corrientes. 

II. Prosa

Avisos espirituales 
Textos de diversa procedencia de carácter ocasional, que tuvieron funciones de dirección espiritual. 

Incluiría principalmente los siguientes: 
1.Dichos de amor y luz. 
2.Puntos de Amor (procedentes de Beas) 
3.Avisos recogidos por Magdalena del Espiritu Santo en Beas. 
4.Avisos recogidos por la Madre María de Jesús. 
5.Avisos recogidos en Antequera. 
6.Avisos procedentes de la edición de Gerona. 
7.Avisos a un religioso. 
8.Grados de perfección.

Obras Mayores:
Monte de perfección o la subida del Monte Carmelo. 
Una de los dos comentarios distintos que realizo Fray Juan al poema cuya primera estofa comienza con el verso "En una noche oscura," 

La noche oscura. 
Segundo de los dos comentarios al poema del mismo encabezado. 

Declaraciones del cantico espiritual 
Cuyo título completo fue Declaraciones de las canciones que tratan del ejercicio de amor entre el alma y el esposo Cristo. En el cual se tocan y declaran algunos puntos y efectos de oración a petición de la madre Ana de Jesús, priora de las descalzas de San José de Granada. Año 1684 años.
La obra tuvo dos redacciones distintas, correspondientes a las dos versiones que Fray Juan de la Cruz hizo del poema. 

Llama de amor viva. 
Comentario al poema cuyo primer verso dice: "¡Oh llama de amor viva!". Existen dos redacciones distintas de esta obra.
Su título completo es: "Declaración de las canciones que tratan de la muy intima y calificada unión y transformación del alma en Dios, a petición de la señora deña Ana de Peñalosa, por el mismo que la compuso." 

Obra ascética en que se estudia los tres enemigos del alma. El mundo, el demonio y uno mismo y las sagacidades de la sensualidad. 

Cartas espirituales. 
De las que sólo se conservan 33. El resto desapareció destruidas en parte por el mismo Fray Juan de la Cruz.